По смерти Иуды повсюду возобновились беззакония и поднялись все деятели неправды. Иудея была разорена дотла. Свирепствовал голод. Люди тяжко страдали от угнетения, но должны были подчиняться сирийским ставленникам. Отступники разыскивали друзей Маккавея и приводили их к Вакхиду, который жестоко мстил им за прежние успехи. Тогда вожди повстанцев собрались вместе и сказали Ионафану, младшему сыну Маттафии: «С того времени, как скончался твой брат, нет подобного ему мужа, чтобы выйти против врагов и Вакхида. Теперь мы избрали нашим начальником тебя, чтобы ты стал вождём вместо Иуды и продолжал войну».
Положение повстанцев поначалу было очень тяжёлое. Сирийцы взяли Иерихон, Эммаус, Газару, а также многие другие иудейские города. Ионафан и его сподвижники отступили к озеру Асфар и укрылись в болотистой местности на его берегах. Вакхид узнал об этом и неожиданно напал на иудеев с большим отрядом. Однако Ионафан встретил врага во всеоружии и крепко бился с ним среди болот. Когда положение сделалось опасным, евреи, бросившись в Иордан, переплыли на другой берег. Вакхид, который потерял многих солдат, не решился преследовать их и вернулся в Иерусалим.
В 159 г. до Р. Х. первосвященник Алким начал разрушать стены вокруг храма, но внезапно был поражён ударом и умер. Вакхид ушёл обратно к царю, расставив во всех городах крепкие гарнизоны. В течение двух лет в Иудее сохранялся хрупкий мир. Ионафан занял в пустыне город Вефваси и хорошо укрепил его. Вакхид подступил к городу, подвёл к его стенам машины и долгое время вёл безуспешную осаду. Иудеи, во главе которых стоял брат Ионафана Симон, сделав вылазку, сожгли все осадные орудия. Вакхиду пришлось уйти. Его поражение ослабило власть сирийцев над Иудеей. Ионафан утвердился в Махмасе, а весь окрестный народ признал его своим правителем.
Между тем сирийцы были отвлечены от Иудейской войны собственными междоусобиями. Чтобы избавиться от Деметрия I, его враги придумали подучить некоего молодого человека по имени Балас выдать себя за Александра, сына Антиоха IV Епифана. Самозванец в 153 г. до Р. Х. высадился в Сирии и завладел Птолемаидою (этот город до македонского завоевания назывался Акко; при Птолемеях он превратился в морские ворота Северной Палестины и имел большое стратегическое значение). Деметрий должен был готовиться к тяжёлой войне. Ионафан мог легко пристать к его противнику. Чтобы не допустить этого, Деметрий поспешил заключить с ним выгодный мир. Царь позволил ему набирать войска и приготовлять оружие, а также выдал ему всех заложников, которые томились в иерусалимской крепости. Ионафан прибыл в Иерусалим и прочитал перед народом царское письмо. Его враги, напуганные таким поворотом дел, на время присмирели. А Ионафан, поселившись в столице, начал спешно отстраивать крепостные стены вокруг горы Сион.
Александр Балас также постарался привлечь иудеев на свою сторону. Он написал Ионафану письмо и объявил, что ставит его первосвященником в Иерусалиме. Когда Деметрий узнал, что Ионафан облёкся в мантию первосвященника, он, в свою очередь, даровал иудеям новые льготы: освободил их от многих податей, а Иерусалим отдал под полную власть первосвященника. Но даже такими посулами он не смог переманить евреев на свою сторону: слишком хорошо помнили они то зло, которое претерпели от него.
В 150 г. до Р. Х. два претендента на сирийский престол сразились друг с другом. В конце концов армия Александра, которому оказал сильную поддержку его тесть, египетский царь Птолемей VI, одержала победу. Деметрий погиб в бою. Александр Балас (150–145 гг. до Р. Х.) завладел его престолом. Ионафан пользовался при нём большим почётом.
Впрочем, спокойное царствование Баласа продолжалось только три года. В 147 г. до Р. Х. у него появился грозный соперник — сын Деметрия I, также Деметрий. Ионафан отложился от Александра и повёл себя как независимый правитель. Он двинулся к морю и овладел Иоппией. Отсюда иудейское войско отправилось к Азоту, где бесстрашно сразилось с наместником Келесирии Аполлонием.
Сирийцы были разбиты, Азот — сожжён. Затем Ионафан подступил к Аскалону и овладел этим городом. Александру пришлось признать его завоевания, поскольку его положение ухудшалось с каждым днём. Египетский царь Птолемей рассорился с зятем, отнял у него свою дочь Клеопатру и выдал её за Деметрия. Александр двинулся против врагов, но был разбит ими. Он бежал к набатейским арабам, однако тамошний царь велел его казнить, а голову отослал Птолемею. Деметрий II (145–141 гг. до Р. Х.) сделался сирийским царём. Он оказался ничем не лучше своего беспутного отца: вёл беспорядочную, праздную жизнь и вовсе не интересовался делами. Войску между тем постоянно задерживали жалование, и солдаты были сильно этим раздражены.
У Александра Баласа был полководец по имени Трифон. Он узнал, что всё войско ропщет на Деметрия, и привёз из Набатеи в Сирию малолетнего сына своего прежнего господина по имени Антиох. Наёмники тотчас перешли на его сторону. Трифон овладел сирийской столицей Антиохией и провозгласил царём своего ставленника Антиоха VI (141–140 гг. до Р. Х.). Деметрий бежал из Сирии в Месопотамию. Ионафан признал нового государя, выступил против военачальников Деметрия и разгромил их на равнине Насор. В то же время он старательно укреплял Иерусалим, а городскую крепость (по-прежнему занятую сирийцами) обнёс внешней стеной, чтобы её гарнизон не мог учинять неожиданные нападения на город.
Трифон видел, что Ионафан усиливается с каждым днём, и решил положить этому конец. Он отправился в Вефсан, где первосвященник встретил его с большим войском. Трифон принял его с честью, представил всем друзьям, дал богатые подарки. Потом он сказал Ионафану: «Для чего ты привёл с собой столько людей? Ведь у нас нет никакой войны. Отпусти народ по домам, и пойдём вместе со мной в Птолемаиду. Я передам этот город тебе, а затем возвращусь». Ионафан поверил Трифону, распустил войска и оставил при себе только тысячу человек. Но как только иудеи въехали в Птолемаиду, жители по данному Трифоном сигналу заперли ворота и набросились на них. Всех спутников первосвященника перебили, а сам он был схвачен и вскоре казнён.
Узнав о пленении Ионафана, иудеи избрали первосвященником третьего сына Маттафии — Симона. При нём Иудейское государство настолько усилилось, что перестало платить сирийцам дань. В первый же год его правления Симону сдался гарнизон иерусалимской крепости, терпевший страшный голод. Крепость была разрушена, а сам холм, на котором она возвышалась, срыт. Отныне самой высокой точкой города сделался храм. Тогда же первосвященник завладел Газой, изгнал из неё язычников и населил город евреями.
Между тем в Сирии власть перешла к Антиоху VII (138–129 гг. до Р. Х.). Едва новый царь утвердился на престоле, он начал думать над тем, как вновь покорить себе Иудею. Однако до тех пор, пока был жив Симон, все попытки в этом направлении не приносили успеха. В 134 г. до Р. Х. этот последний из сыновей Маттафии, объезжая Иудею, прибыл в Иерихон, где правил его зять Птолемей. Тот уже давно находился в тайном сговоре с царём и вынашивал коварные планы против Симона. Пригласив тестя в крепость Док, он устроил в его честь большой пир. Когда гости опьянели, слуги Птолемея набросились на них и перебили мечами. Тогда же были захвачены жена и два младших сына первосвященника. Но самый старший сын Симона, Гиркан, успел бежать в Иерусалим. Здесь при поддержке горожан он унаследовал звание и власть отца.