Окончательно Иудея обрела свободу после смерти Антиоха VII. Сирийские цари, погрязшие в бесконечных внутренних смутах, настолько ослабли, что не могли уже всерьёз угрожать Хасмонеям. Фактически Гиркан правил страной, как суверенный государь. Однако официально царский титул принял только его сын Аристобул I (104–103 гг. до Р. Х.). Началась эпоха Второго Иудейского царства. Она была бурной и интересной, но поскольку ни один из царей этого времени в Библии не упомянут, мы о нём распространяться не будем. Отметим только, что в 63 г. до Р. Х., после упорной осады, Иерусалим был взят римским полководцем Гнеем Помпеем. Иудея оказалась втянутой в орбиту Римского государства и следующие семьдесят лет существовала на правах его вассала.
Эпоха независимости породила в общественной и духовной жизни евреев новые вопросы. Главный из них звучал примерно так: должна ли Иудея превратиться в обыкновенное монархическое государство, или же она должна пользоваться достигнутой свободой для того только, чтобы усовершенствовать свою внутреннюю духовную жизнь. Ответ на него давали по-разному. Уже во времена правления Гиркана коренное разномыслие во взглядах на задачу государства привело к образованию трёх партий — саддукеев, фарисеев и ессеев. Разногласия между ними носили чрезвычайно глубокий характер — то были три типа миросозерцания, охватывавшие все сферы личной, общественной и религиозной жизни.
Во главе партии саддукеев находились потомки старой священнической династии Садока, оттеснённой от первосвященства новой династией Хасмонеев. Это была сравнительно небольшая группа богатых и влиятельных людей, в основном землевладельцев. Саддукеи занимали видные государственные и храмовые должности и имели большое влияние на политическую и религиозную жизнь. В них видят прямых потомков тех умеренных эллинистов, которые ещё в эпоху греческого владычества стремились дать в еврейской жизни перевес светской культуре над духовной.
Древняя иудейская религия была для саддукеев не центром жизни, а только придатком к ней. Они старались ослабить резкие национальные особенности, отличавшие иудеев от других образованных народов. Отсюда шло их отрицательное отношение к устному закону и народным обычаям, образовавшимся вокруг Торы. Саддукеи признавали обязательными только писаные законы Моисея, отвергая все позднейшие устные предания, толкования учёных и установившиеся в народе обычаи. Письменная Тора казалась им самодостаточной, раз и навсегда данной, и они не видели какой-либо необходимости в дополнительных комментариях к ней. В деле соблюдения писаной буквы Торы саддукеи отличались необычайным консерватизмом. Хотя в повседневной жизни они легко поддавались иноземным влияниям, в своих судебных решениях представители этой партии проявляли большую строгость, так как буквально применяли все устаревшие нормы наказания (в том числе пресловутый принцип «око за око, зуб за зуб»).
Отрицая устную традицию в деле обрядов, саддукеи не принимали никаких новых религиозных учений. Поскольку Тора не касалась вопросов загробной жизни, посмертного воздаяния и конца света, они ни во что такое не верили и считали, что человеческая душа умирает вместе с телом. Саддукеи отрицали также тот факт, что ангелы и духи являются посредниками между Богом и человеком. В человеческих поступках саддукеи видели прежде всего проявление свободной воли, и лишь в редких случаях — вмешательство божества.
Фарисеи (это греческое слово происходит от еврейского перерушим — «отделившиеся»), как и большинство саддукеев, являлись мирянами, но в основном принадлежали к среднему классу. Во главе этой партии находились люди, отличавшиеся высокими умственными качествами, книжной учёностью, религиозным благочестием и нравственностью. На первом плане для них стояли не политические интересы государства, а духовные интересы нации. Характеризуя эту партию, можно сказать, что её девизом было: национальная самобытность и политическая обособленность. При этом национальная самобытность всецело сливалась в глазах фарисеев с национальной религией. Именно в ней видели они ту творческую силу, которая должна пропитать все сферы еврейской жизни.
К воцарившейся династии Хасмонеев фарисеи относились насторожённо и враждебно. Многовековой опыт убеждал их, что духовные и национальные интересы иудеев наиболее обеспечиваются не при монархическом устройстве государства, а при таком режиме, когда общиной управляют священники. Но управляют не самочинно, а безусловно подчиняясь господству Торы, как священного, внушённого Богом закона, с которым люди должно сообразовываться буквально во всех случаях жизни. Другими словами, фарисеи стремились водворить в Иудее своего рода духовную республику, где право совмещается с моралью, жизнь — с божественным законом, где выше всего ценятся духовные подвиги нравственной доблести, а не военные или политические успехи. А поскольку писаные нормы Торы не могли охватить всё многообразие жизненных явлений, то ощущалась необходимость дополнить эти нормы устными традициями. Фарисеи, в отличие от саддукеев, не смотрели на Писание как на мёртвую реликвию или строго зафиксированный кодекс. Они исходили из мысли, что вера не может ограничиваться рамками книги. Живая духовная преемственность, или предание, играет в ней не меньшую роль, чем строго установленный канон. При активном участии фарисеев шла постоянная разработка устных преданий и юридических толкований, которые связывали современную жизнь с писаным законом.
Вместе с тем фарисеи разделяли утвердившуюся в народе веру в бессмертие души и грядущее воскресение мёртвых. Их взгляд на предопределение и свободу воли выражала формула: «Всё предусмотрено (Богом), но свобода (действий) дана (человеку)», то есть в человеческих поступках личная и высшая воли проявляются одновременно.
В противоположность саддукеям, которые придавали исключительное значение храму, фарисеи избрали сосредоточием своей деятельности молитвенные дома — синагоги, существовавшие в эту эпоху в каждом иудейском городке. В синагогах читали, учили, истолковывали и изучали Тору. Здесь возносили пламенные молитвы о возрождении нации и пели псалмы.
Совершенно особенным течением в еврейском обществе была секта ессеев. Её последователи считали, что светское начало государственности само по себе греховно и суетно, что вполне подчинить его религиозному началу немыслимо и что истинная жизнь «в Боге» возможна не в гражданском обществе, а лишь в чисто духовном братстве, стоящем вне сферы политики. Если саддукеи отводили религии только небольшой участок государственной жизни, а фарисеи стремились связать религиозность и государственность в одно неразделимое целое, то ессеи совершенно упраздняли государственность и делали религиозность сосредоточием личной жизни. Члены этой секты удалялись от гражданского общества, от городской культуры и жили особыми полумонашескими общинами, где проводили всё время в доскональном изучении Торы. Основная часть их поселений находилась в пустыне вблизи Мёртвого моря. У ессеев была крепкая организация, основанная на началах строгого подчинения общей дисциплине. Одежда была одинаковой для всех членов братства и состояла из грубого плаща для зимы и лёгкой накидки для лета. Каждый должен был добывать средства для жизни личным физическим трудом. Слуг и рабов не существовало. Торговля считалась неприличным занятием. Вообще, господствовал принцип полного равенства. Каждый, присоединяющийся к секте, должен был уступить своё имущество общине. Хотя брак не был прямо запрещён, многие ессеи воздерживалось от него. В жизни большая роль отводилась омовениям. Центром общинной жизни служили ежедневные общие трапезы, пища для которых приготовлялась священниками при соблюдении многочисленных предписаний ритуальной чистоты. В жертвоприношениях, происходивших в храме, ессеи не участвовали, точно так же как в общих богослужениях. Их религиозная жизнь проходила только внутри общины. Питая отвращение к царственному первосвященничеству Хасмонеев, ессеи верили, что лишь они одни входят в Новый Завет, предсказанный пророком Иеремией, и являются теми, кому суждено стать оставшимися до конца времён. Себя ессеи называли «сынами света» и «общиной Нового Завета». К саддукеям и фарисеям они относились как к иноверцам.
Ессеи считали, что жизнь человека полностью предопределена Богом. Они также веровали в бессмертие души и имели сложившееся учение о посмертном воздаянии. Согласно ему, освобождаясь после смерти от телесной оболочки, душа уносится прочь от земли. Добрые души попадают в рай, находящийся по ту сторону океана, а злые обречены на мучения в мрачной холодной пещере. Они верили в ангелов и в особое влияние добрых и злых духов. В их среде получило высочайшее развитие учение о конце света, сопровождающееся явлением Христа (то есть Спасителя или Мессии) и воскресением мёртвых во плоти.