После поражения при Самугархе начались скитания наследного принца: его постоянно преследовали ищейки младшего брата. В какой-то момент ему удалось собрать крупную армию на деньги владыки Ахмадабада, он опять выступил против Аурангзеба, и вновь у него ничего не вышло – Дара был жестоко разгромлен и бежал. В конце концов блуждания привели его в Афганистан, в Дадар, где в июне 1669 года он был выдан людям нового императора человеком, которому доверился. Дару пленили и отправили в Дели, где бросили в тюрьму, а 1 сентября того же года казнили, обвинив в ереси и государственной измене. Чуть раньше был схвачен и его сын Сулейман Шикох, которого после суда отправили в Гвалиор, где тот был отравлен.
В течение двух лет Аурангзеб завершил междоусобную войну, расправившись со всеми соперниками, в том числе со своим братом Мурадом (вначале захватив его в плен, а в 1661 году казнив), и стал единоличным хозяином всей Могольской империи.
При Аурангзебе империя, которой он управлял вплоть до своей смерти в 1707 году, стала высокоцентрализованной деспотией. Император обладал абсолютной властью, но при этом имел собственного премьер-министра, как Людовик XIV. Будучи исключительно дотошным человеком, он вникал в малейшие детали администрирования, сам читал все обращенные к нему петиции, лично отвечал на них. Генералитет и министры находились под его неусыпным контролем, никто не мог похвастаться самостоятельностью. Логическим следствием подобного положения вещей стала административная пассивность и беспомощность власти. Вдобавок религиозное рвение Аурангзеба, истового мусульманина-суннита, толкало его к насаждению религиозной нетерпимости и подавлению любых проявлений свободы воли среди поданных.
В итоге правление Аурангзеба стало началом заката величественной Могольской империи. Несмотря на то, что она насчитывала 21 провинцию и имела на вооружении высококлассную армию, правительство не могло сдержать центробежные процессы, зачастую вызванные недальновидной политикой самого императора. После его смерти эти процессы развернулись в полную силу и привели к появлению полунезависимых индийских государств.
Основными причинами поражения войска Дары Шикоха следует считать следующие:
1) слабая боевая подготовленность и организованность;
2) негативный моральный климат, непреодолимые противоречия между индусскими и мусульманскими вождями;
3) недостаточные боевые навыки самого Дары – он оказался более слабым полководцем, чем Аурангзеб, и совершил ряд тактических просчетов как до битвы, так и во время нее. Самый главный просчет, по-видимому, заключался в поспешности, с которой он стремился в битву с союзными братьями, и нежелании соединяться с силами своего сына Сулеймана;
4) слабый авторитет и непопулярность Дары;
5) предательство некоторых военачальников, особенно Халилуллы.
С другой стороны, победе Аурангзеба сопутствовали такие обстоятельства:
1) высокий душевный настрой – воины союзных братьев выходили на поле боя с психологией победителей, за их плечами уже была победа над правительственными частями;
2) наличие существенной религиозной мотивации – Аурангзеб внушил своим людям, что они сражаются за правое дело, за низвержение ереси и установление истинного исламского порядка;
3) высокая сплоченность войсковых соединений, их организованность, дисциплинированность, прекрасные боевые качества;
4) полководческий талант Аурангзеба, великолепное видение ситуации и умение удерживать ее под контролем. К полководческой искусности можно присовокупить и его дипломатический талант, благодаря которому Аурангзеб налаживал связи с нужными людьми, в том числе и в армии своего противника.
В целом битва при Самугархе оказалась довольно редким сражением в истории войн, когда успех был достигнут благодаря последовательно проведенной оборонительной тактике, которая, впрочем, не исключала возможностей для контратак, приведших в конце концов к положительному для Аурангзеба исходу.