Эпоха Хэйан (794 – 1192) стала временем глобальных перемен, которые во многом предопределили развитие военного искусства в Японии. В это время в Стране восходящего солнца появляются военное сословие самураев и полчища монахов-воинов – главные игроки на сцене японской военной истории. К этому же периоду относятся и первые упоминания о семьях Кога и Хаттори, которые позже становятся основными носителями традиции ниндзюцу. Тогда же формируется военное искусство ямабуси, оказавшее значительное влияние на всю японскую традицию военного дела. На основе гаданий по книге «И-цзин», традиционной астрономии, астрологии и магии, складывается особое учение Оммёдо – «Путь Инь и Ян», оставившее заметный след в ниндзюцу. Методы шпионажа активно используются и самураями, и монахами-воинами, и ямабуси, и разбойниками, коих немало было во второй половине эпохи Хэйан, ознаменовавшейся кризисом центральной власти.